以下のツールを使用したところ結論から記述すると

Bandicut ☆☆☆
PowerDirector ☆☆
AviUTL ☆

単に切り出す用途では一番良い。ただし有料。
どこで切っても、その動画を他のツールで読み込んだり動画プレーヤーなどでも問題は起こらなかった。
無料でも使えるが最後にロゴが挿入される。

良い…が有料。スマートレンダリングが出来るものなら無劣化切り出しと同じ結果だと思われ。ただしプロファイルの分析で出来ない動画もある。（これがBandicutにおいてはない）
またスマートレンダリングで出力されたものの中には謎の変色を起こしている場合などがある。その他の問題は特になし。マーカーや範囲の出力などの操作性は悪くない。

無料だが厳しい。切り出してエクスポートできるが（要プラグイン）
どうもキーフレームでしか切れないようだ…切り出した動画を他のツールで読み込んだりVLCメディアプレーヤーなどで再生してもなんというか、辻褄合わせのような問題が発生することがしばしば…この不安定感では結局使えない感じだ