Let's Encryptで発行したサーバー証明書を削除します。

手動で削除する場合

$ sudo rm -rf /etc/letsencrypt/archive/ドメイン/

$ sudo rm -rf /etc/letsencrypt/live/ドメイン/

$ sudo rm -rf /etc/letsencrypt/renewal/ドメイン.conf

無効化（default-ssl.confをコピーした設定ファイルの削除）

$ sudo a2dissite /etc/apache2/sites-available/設定ファイル名.conf

削除

$ sudo rm /etc/apache2/sites-available/設定ファイル名.conf

certbotコマンドで削除する場合

$ sudo certbot delete

※ 複数ある場合は番号を選択して削除

無効化（default-ssl.confをコピーした設定ファイルの削除）

$ sudo a2dissite /etc/apache2/sites-available/設定ファイル名.conf

削除

$ sudo rm /etc/apache2/sites-available/設定ファイル名.conf